Amasya, Kıyı Karadeniz ile Anadolu’nun diğer bölgelerini bağlayan, prehistorik çağlardan beri kullanılan yolların kavşak noktasında yer alır. Yeşilırmak Nehri’nin oluşturduğu derin bir vadi içerisinde kurulmuştur. Nehrin ikiye ayırdığı bu vadinin kuzeyindeki 272 m yüksekliğinde, sivri külah biçimindeki kireçtaşı yığını binlerce yıldır Harşena Dağı olarak bilinir. Harşena Dağı’nın, Yeşilırmak ve vadisi ile birlikte oluşturduğu bütünleşik kompozisyon, ünik bir peyzaj ve büyüleyici bir manzara sunar. Harşena Dağı’nın güney yamacı binlerce yıldır iskân edilen bir höyüktür. İlk yerleşim Erken Tunç Çağı’nda başlamış ve Osmanlı Devleti’nin sonuna kadar da onlarca uygarlık (Frigya, İskit-Med, Pers, Pontos, Roma, Doğu Roma, Danişmendli, İlhanlı, Selçuklu, Osmanlı) tarafından iskân edilmiştir. Alanda; Amasya Kalesi’nin yanı sıra, Helenistik Dönem surları, anıtsal kaya mezarları, M.Ö. 1. yüzyıla tarihlenen anıtsal sarnıçlar ve Yalıboyu Evleri bulunmaktadır.
Helenistik Dönem’de dünyanın en önemli uygarlıklarından birisi olan Pontus Krallığı (M.Ö. 301-M.Ö.47), Pers satraplarından I. Mithridates tarafından M.Ö. 301 yılında Amaseia’da (Amasya) kurulmuştur. Amaseia’nın Pontus Krallığı’nın başkenti olmasıyla birlikte, dağın güney yamacına anıtsal kaya mezarları inşa edilmiştir. Kızlar Sarayı bölgesinde, Kurucu Kral I. Mithridates Ktistes’den I. Pharnakes’e kadarki beş krala ait kaya mezarları bulunmaktadır. Yükseklikleri 8-15m arasında değişen kaya mezarları; Anadolu’nun en büyük kaya mezarları arasında bulunan, dünyada da kaya mezarı geleneğinin seçkin örnekleri arasında gösterilen anıtsal yapılardır. Kaya mezarlarının mimarî üsluplarına hâkim olan Grek etkisi, Amaseia’da, Anadolu’daki diğer örneklerin tam tersine bir kronolojik gelişim izlemiş ve V No’lu mezarda tamamen kaybolarak yöreye özgün, yeni bir üslup ortaya çıkmıştır. Kaya mezarları; ana kaya kütlesinden üst kısmı tonozla, gövdeleri de “U” şeklindeki koridorlarla koparılan serbest durumdaki taş mezar odaları, bu mezar odalarını çevreleyen koridorları ve yuvarlak tonoz geometrili tavanlarıyla, ünik mimarîye sahiptir. Özellikle V No’lu Mezar olarak adlandırılan I. Pharnakes’e ait kaya mezarı 15x8x6m’lik boyutlarıyla bu üsluptaki en büyük kaya mezarıdır. Pontos Kraliyet Nekropolü, hanedanın dünyadaki ilk ve tek nekropolü, V No’lu kaya mezarı da Pontos Krallığı döneminde inşa edilmiş son kaya mezarıdır. Kaya mezarı inşa etme geleneği Amaseia’da son bulmuş, ikinci başkent Sinope’de (Sinop) (M.Ö.183) bu gelenek sürdürülmezken, hanedana ait ikinci bir kraliyet mezarlığına da bugüne kadar rastlanmamıştır.