"Tedrisati Aliye" yoluyla yürütülen müzecilik faaliyetleri, 1922 yılında "Asar-ı Atika ve Müzeler" adıyla teşkilatlanmış müdürlükçe yürütülmeye başlanmıştır.
1933 tarihinde "Maarif Vekâleti Merkez ve Taşra Teşkilatı Vazifelerine Ait Kanun" ile teşkilat, "Antikiteler ve Müzeler Direktörlüğü" olarak Maarif Vekâleti içerisinde yer almıştır.
1946 yılında Millî Eğitim Bakanlığı'nın kuruluşu ile ilgili kanun gereğince "Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü" olarak kurulmuştur.
1965 yılında Millî Eğitim Bakanlığı içerisindeki kültür hizmetlerini yürüten birimler, Kültür Müsteşarlığı'nda toplanmıştır.
1971 yılında "Kültür Bakanlığı" kurulmuş ve Kültür Müsteşarlığı ile ilgili görevler bu Bakanlığa devredilmiş, Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü de bu Bakanlık içerisinde yer almıştır.
1972 tarihinde yeni bir kararla söz konusu Bakanlık yeniden müsteşarlık haline getirilmiş ve Başbakanlığa bağlanmıştır. Bu bağlantı sırasında Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü de müsteşarlık bünyesinde kalmıştır.
1974 tarihinde Kültür Bakanlığı yeniden kurulmuş ve aynı tarihte Kültür Müsteşarlığı'nın görevleri de yeni kurulan bu Bakanlığa verilmiştir.
1977 yılında Kültür Bakanlığı kaldırılarak Millî Eğitim ve Kültür Bakanlığı kurulmuştur. Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü de bu Bakanlığın bünyesinde bırakılmıştır. Aynı yıl içerisinde Millî Eğitim ve Kültür Bakanlığı kaldırılarak yeniden Kültür Bakanlığı kurulmuştur.
1982 yılında Kültür Bakanlığı kaldırılarak Turizm ve Tanıtma Bakanlığı ile birleştirilmiş ve adı da "Kültür ve Turizm Bakanlığı" olmuştur. Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü de bu Bakanlığın Kültür bünyesinde bırakılmıştır.
1989 tarihinde Kültür Bakanlığı, Kültür ve Turizm Bakanlığı'ndan ayrılarak yeniden Kültür Bakanlığı olarak faaliyetini sürdürmüş ve Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü bu Bakanlık içerisinde yer almıştır.
364 sayılı KHK ile Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü adı, Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Başkanlığı olarak değiştirilmiştir.
Söz konusu Başkanlık, Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Başkanlığı olarak Kültür Bakanlığı bünyesinde görevini sürdürmekte iken, 06.11.1989 gün ve 379 KHK ile Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğü ile Anıtlar ve Müzeler Genel Müdürlüğü olarak iki ayrı Genel Müdürlüğe ayrılmıştır.
Söz konusu kararname ile Anıtlar ve Müzeler Genel Müdürlüğü ile Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğü'nün görevleri ayrı ayrı belirlenerek Kültür Bakanlığı bünyesindeki faaliyetlerini 28 Nisan 2003 tarihine kadar sürdürmüşlerdir.
29 Nisan 2003 tarihinde çıkartılan 4848 sayılı yasa ile Kültür ve Turizm bakanlıkları birleştirilmiş ve Genel Müdürlüğümüzün ismi de "Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü" olarak değiştirilmiştir.