2007 Yılı Nisan ayından itibaren Topkapı Sarayı Enderun Avlusu Ağalar Cami’ndeki restorasyon çalışmaları gerekçesiyle, aynı avludaki Hazine Koğuşu’na nakledilen el yazması koleksiyonu, 1 Ağustos 2013 itibariyle eski yeri olan Ağalar Cami’ne taşınmaya başlanmıştır.

Bu geçen süre içerisinde deprem dolayısıyla hasar görmüş alanlar restore edilmiş, 7 yıl gibi uzun süren bu dönem içerisinde, Ağalar Cami depo özelliği ve depolama sistemi açısından çağdaş normlara ulaştırılmıştır.

Camlı bölmeler kırılmaz camlar kullanılarak değiştirilmiş, raflar zemine sabitlenmiş, paslanmaz çelik kullanılmış, eser yüksekliğine göre ayarlanabilen  raflar, depreme karşı kafes sistemiyle kurulmuştur.

Daha önce tek katlı olan depo, yeni sistemde iki katlı hale getirilmiş, kullanım kapasitesi arttırılmıştır. Yeni depolara iklimlendirme cihazları yerleştirilmiş, manuel sistem terkedilmiştir.  Yeni binada yangın algılama ve söndürme sistemleri kurulmuştur. Kamera sistemleri modern teknolojiye uygun olarak yenilenmiştir.

Bahse konu kütüphanenin kitap koleksiyonu, yedinci yüzyıldan yirminci yüzyıla kadar değişik dönemlere ait kağıt, deri, tekstil ve parşömen gibi organik kökenli malzemelerden oluşmaktadır. Onüç ayrı kütüphaneden, 18.622’si yazma olan 21.438 adet kitap bir araya getirilmiştir. Yazmaların 600 adedi minyatürlüdür. Toplamda 10.000’i aşkın bir minyatür koleksiyonu bulunmaktadır.
2009 yılından itibaren bir restoratör sürekli olarak kütüphanede el yazması kitapların restorasyon çalışmalarını gerçekleştirmektedir.

10 kişiden oluşan bir taşınma komisyonu kurulmuş, öncelikle uzman odası taşınması gerçekleştirilmiş, daha sonra Revan Kitaplığı koleksiyonuna ait ilk yazmalar taşınarak raflara yerleştirilmiştir. Bundan sonraki aşamada diğer koleksiyonlar taşınmaya devam edecektir.
Söz konusu eserlere ilişkin envanter sayımları yapılmakta olup, kitapların kondisyonları da bu çalışmada raporlanmaktadır.